Uno de los primeros antecedentes sobre el origen de los museos pedagógicos en España se remonta a la creación del Museo de Instrucción Primaria en 1882 (R.D. de 6 de mayo de 1882). Este Museo se creó como una institución imprescindible para la renovación pedagógica del profesorado. Ligado a la Institución Libre de Enseñanza, nace con dos objetivos: paliar las deficiencias de la formación inicial del magisterio en las Escuelas Normales e introducir nuevas metodologías en la enseñanza. Al frente de este Museo estuvo como director el célebre pedagogo Manuel Bartolomé Cossío (1883-1929).

Debido a las características pedagógicas del Museo, no respondió al concepto de museo-colección, sino que pretendió ser un centro de información y difusión técnico-profesional, ajustándose a los fines más esenciales de los museos europeos contemporáneos: el de recolección y conservación de objetos didácticos, el de investigación, divulgación y formación del magisterio. Durante la II República, en 1932 recibe el nombre de Museo Pedagógico Nacional y se le atribuyen las siguientes funciones:

1. Renovación docente, a través de la organización de cursos de perfeccionamiento orientados a la formación metodológica del profesorado y la ampliación de su cultura general.
2. Centro de Información y documentación, que contribuya a la actualización del profesorado mediante publicaciones nacionales e internacionales. Para ello, contó con una biblioteca circulante de carácter pedagógico, enciclopédico e infantil, además de otras colecciones relacionadas con la arquitectura escolar, de mobiliario escolar, de material de enseñanza, de trabajos de aguja, de historia de la caligrafía española y de aparatos de proyección. Al Museo le correspondía establecer el préstamo e intercambio de aparatos de proyección y de material educativo.
3. Acción social y cultural del Museo, estableciendo colaboraciones con el Patronato de Misiones Pedagógicas en el mejoramiento de la escuela primaria y la supresión del analfabetismo. También canalizará las instrucciones pertinentes para la orientación del servicio de cantinas, colonias y roperos escolares, así como otras actividades complementarias como intercambios escolares, a nivel nacional como internacional.

Tras la Guerra Civil y la instauración del régimen franquista, el Museo fue desmantelado en 1941 y algunos de sus fondos de aguja (bordados y encajes) fueron trasladados a la UCM, configurando con el paso del tiempo la Colección Pedagógico Textil. Desde 1974 la colección ocupó varios espacios en la Complutense, y se trasladó finalmente, en 2017, a la Facultad de Educación - Centro de Formación del Profesorado, donde se conserva en la actualidad.

En la década de los años noventa, un grupo de profesores de Historia de la Educación de la UCM retomó la iniciativa de crear un Museo que preservara y conservara algunos de los fondos que se estaban descartando en los colegios públicos históricos , con la intención de poner en valor el patrimonio histórico-educativo de épocas anteriores. Una vez creado el Museo de Historia de la Educación en la Facultad de Educación se decidió que llevara el nombre del primer director del Museo Pedagógico Nacional -Manuel Bartolomé Cossío-. A partir de este momento, se estableció un espacio para albergar y custodiar los fondos y donaciones recibidos de algunos centros educativos y que constituyen en sí mismo varias colecciones, que se denominó Museo/Laboratorio de Historia de la Educación “Manuel Bartolomé Cossío”.

Unos años más tarde, el Departamento de Didáctica de Ciencias Experimentales de la Facultad de Educación solicitó trasladar una Colección de instrumentos para la didáctica de las Ciencias Experimentales al espacio expositivo del Museo. Dicho fondo procedía de los laboratorios de las antiguas Escuelas de Magisterio (Escuelas Universitarias de Formación del Profesorado “Pablo Montesino” y “María Diaz Jiménez”), que se integraron en la Facultad de Educación y actualmente se encuentra adscrita a la Colección de Patrimonio Científico-Técnico de la Universidad Complutense.

En la actualidad, estos tres fondos mencionados anteriormente formarán el futuro Museo Complutense de la Educación: el Museo/Laboratorio de Historia de la Educación Manuel Bartolomé Cossío -integra los diferentes fondos mencionados procedentes del colegio municipal Nuestra Señora de la Paloma y diversas donaciones de particulares-, la Colección de instrumentos para la didáctica de las Ciencias Experimentales, que tiene su origen en las Escuelas Universitarias de Formación del Profesorado de E.G.B. “Pablo Montesino” y “María Díaz Jiménez”, ubicadas en la Facultad de Educación –Centro de Formación del Profesorado, y la Colección Pedagógico Textil -procedente del Museo Pedagógico Nacional-.