El Museo dispone de fondos y colecciones, de diferentes orígenes y naturaleza museológica y museográfica, que se han incorporado con el paso del tiempo. Este Museo, como su predecesor -Museo Pedagógico Nacional-, no responde al formato museo-colección, sino que se plantea como un espacio destinado a la salvaguardia, protección, recuperación, difusión, estudio/investigación y divulgación del patrimonio histórico-educativo. Su actividad fundamental es la preservación del legado educativo del pasado y la difusión general, investigación científica y la docencia especializada en los temas relacionados con el patrimonio histórico-educativo, cultura escolar y museística pedagógica. 

Por tanto, el Museo se concibe como un

• Centro de conservación y análisis del patrimonio histórico-cultural.
• Laboratorio de Historia de la Educación, taller de aprendizaje activo que permite al usuario conectar con una historia viva que favorezca entender su necesidad y su sentido.
• Laboratorio para investigar los elementos del currículo escolar en épocas pasadas.
• Centro de intercomunicación de culturas.
• Agente de modernización pedagógica.